Nicolas Krüger studierte Klavier bei Alain Planès und legte Studien in Harmonielehre, Kontrapunkt, Klavierbegleitung, Chor- und Orchesterleitung am Conservatoire National Supérieur de Musique in Paris mit Auszeichnung ab. Zunächst war er Studienleiter und Chorrepetitor am Orchestre de Paris und arbeitete regelmäßig mit Dirigenten wie Pierre Boulez, Lorin Maazel, Franz Brüggen oder Wolfgang Sawallisch. Nicolas Krüger dirigierte als Gast das Orchestre National de Lille, das Orchestre d’Auvergne, Orchestre Régional de Normandie, das Orchestre de La Grande Écurie, das Ensemble Instrumental de Nice und das Kölner Kammerorchester. Als Operndirigent war er tätig an den Opernhäusern in Nizza, Lille, Toulon, Antwerpen, Rouen, Dijon, Limoges, Tours, Wladiwostok, Montréal, Erfurt, Hong Kong und Bangkok. Er dirigierte in den letzten Spielzeiten u.a. Bizets »Carmen« an der Opéra de Nice Côte d’Azur und an der Oper Wladiwostok, »Médée« von Cherubini und »Pelléas et Mélisande« von Debussy an der Opéra de Dijon, Mozarts «La Clemenza di Tito» an den Opernhäuser Nantes und Rennes, Beethovens «Fidelio» mit La Grande Écurie an der Oper Tourcoing, »Telemaco« von Gluck an der Oper Erfurt, «Samson et Dalila» von Händel an der Opéra d’Avignon, sowie Mozarts »Requiem« in einer Inszenierung von Bartabas an der Opéra de Toulon. Nicolas Krüger lehrt das Fach Orchesterleitung am Conservatoire Royal de Musique in Monsin, Belgien. Im Jahr 2022 gründete er mit dem Alto-Solisten Loan Cazal zusammen ein Kammerorchester, das unter dem Namen «Libertalia» die besten Musiker und Nachwuchsmusiker Europas auf kammermusikalischem Gebiet vereint. Während seiner Zeit als musikalischer Leiter und Chefdirigent des Leipziger Symphonieorchesters 2018/19 nahm er ein sinfonisches Programm mit Werken von Jacques Offenbach auf CD auf.